Năm 638 TCN, Tấn Huệ công ốm nặng. Con rể Tần Mục công Thế tử Ngữ lo lắng, bèn bàn với vợ là Hoài Doanh rồi bỏ trốn về nước Tấn. Sau đó, Tấn Huệ công mất, Ngữ lên ngôi tức Tấn Hoài công. Tần Mục công rất tức giận, đúng lúc Công tử Trùng Nhĩ đến Tần, ông bèn hứa giúp Trùng Nhĩ lên làm vua, gả hai con gái là Hoài Doanh và Văn Doanh. Trùng Nhĩ ban đầu không muốn nhận nhưng vì đang nhờ cậy nước Tần đành phải đồng ý.

Tháng 3 năm 636 TCN, Tần Mục công sai quân đưa Trùng Nhĩ về nước. Trùng Nhĩ sai người về báo cho vây cánh các đại phu Loan Chi, Khước Bốc làm nội ứng ở Giáng đô đón quân Tần. Tấn Hoài công điều quân ra chống quân Tần, nhưng số đông binh sĩ và nhân dân nghe tiếng Trùng Nhĩ đều có ý đón rước không muốn chống lại. Tấn Hoài công biết mình thế cô, bèn bỏ chạy sang đất Cao Lương rồi bị giết. Trùng Nhĩ lên ngôi, tức là Tấn Văn công.

Vây cánh những người chống lại Tấn Văn công còn khá đông, cầm đầu là Lã Sảnh và Khước Nhuế vốn là bầy tôi gần gũi của Tấn Huệ công. Hai người mưu đốt cung điện để ám sát Tấn Văn công và lập vua khác. Văn công được mật báo, sợ vây cánh họ Lã và họ Khước chưa diệt hết, bèn vi hành bí mật sang nước Tần một lần nữa để tránh. Tần Mục công đón tiếp Tấn Văn công ở Vương Thành.

Lã Sảnh và Khước Nhuế đốt cung điện nhưng không bắt được Tấn Văn công. Tần Mục công sai sứ đến dụ Lã Sảnh và Khước Nhuế đến gặp để bàn lập người khác làm vua. Lã Sảnh và Khước Nhuế đến liền bị ông bắt giết trên sông Hoàng Hà. Sau đó Tần Mục công sai 3000 quân hộ vệ Tấn Văn công trở về nước Tấn.

Sau đó nghe Chu Tương vương bị vương tử Đái cướp ngôi, ông muốn đem quân cứu, nhưng Tấn Văn công sai Triệu Thôi thuyết vua Tần, nên ông nhường cơ hội cho Tấn Văn công, nhưng cũng giúp quân cho Văn công đánh vương tử Đái.